Informace O Rychlých Molekulárních Testech, RT-PCR A Dalších Molekulárních Testech Pro Diagnostiku Infekce Virem Chřipky

2023 Autor: Stephanie Arnold | [email protected]. Naposledy změněno: 2023-11-26 09:30

• Pozadí
• Použití při klinickém rozhodování
• Testování chřipky hospitalizovaných pacientů
• Použití při detekci institucionálních ohnisek chřipky
• Použití při detekci nových případů chřipky typu A
• Faktory ovlivňující výsledky molekulárních testů
• Interpretace výsledků zkoušek
• Výhody / nevýhody molekulárních testů
• Reference

Pozadí

Molekulární testy dostupné pro detekci infekce virem chřipky zahrnují rychlé molekulární testy, reverzní transkripční-polymerázovou řetězovou reakci (RT-PCR) a další testy amplifikace nukleových kyselin. Tyto testy mohou detekovat chřipkovou virovou RNA nebo nukleové kyseliny ve vzorcích dýchacích cest s vysokou citlivostí a vysokou specificitou. Zejména detekce chřipkové virové RNA nebo nukleových kyselin pomocí molekulárních testů nemusí nutně znamenat detekci životaschopného viru nebo probíhající replikaci viru chřipky. Dostupné molekulární testy s FDA jsou uvedeny v tabulce 3.

Rychlé molekulární testy jsou novým typem diagnostického testu molekulární chřipky k detekci chřipkové virové RNA nebo nukleových kyselin ve vzorcích horních cest dýchacích přibližně za 15–30 minut. Jedna platforma používá izotermální amplifikaci nukleových kyselin a má vysokou citlivost a vede k výsledkům za 15 minut nebo méně. Jiné platformy používají RT-PCR a přinášejí výsledky přibližně za 20-30 minut. Hlášené citlivosti dostupných rychlých molekulárních testů se pohybují v rozmezí 66 - 100%. Stejně jako u jiných molekulárně diagnostických testů, pokud je léčba klinicky indikována, neměla by být antivirová léčba odepřena pacientům s podezřením na chřipku, zatímco čekají na výsledky testování během období maximální aktivity chřipky v komunitě, kdy je pravděpodobnost chřipky vysoká. Další informace o antivirové léčbě chřipky jsou k dispozici u antivirových léků, Information for Health Care Professionals.

Některé molekulární testy jsou schopny detekovat a rozlišovat mezi infekcemi viry chřipky A a B; jiné testy mohou také identifikovat specifické podtypy viru sezónní chřipky A, například A (H1N1) pdm09 nebo A (H3N2). Rychlé molekulární testy s FDA mohou poskytnout výsledky za 15-30 minut a některé z nich jsou upuštěny od CLIA pro použití v místě péče. Další molekulární testy mohou poskytnout výsledky za 45-80 minut nebo několik hodin, v závislosti na testu. K dispozici je několik multidatogenních molekulárních testů očištěných FDA, které mohou detekovat chřipkové viry a další respirační patogeny.

Použití při klinickém rozhodování

• Testování chřipky není nutné u všech ambulantních pacientů se známkami a příznaky chřipky, aby se mohli rozhodovat o antivirové léčbě (viz obrázek 1, obrázek 2). Jakmile je chřipková aktivita identifikována v komunitě nebo zeměpisné oblasti, může být provedena klinická diagnóza chřipky u ambulantních pacientů se znaky a příznaky shodnými s podezřením na chřipku, zejména během období vysoké chřipkové aktivity v komunitě. V nemocnicích jsou nyní k dispozici rychlé molekulární testy, které mohou vést k výsledkům přibližně za 15–30 minut, a další molekulární testy, které mohou detekovat virovou RNA nebo nukleové kyseliny chřipky za přibližně 45–80 minut (viz tabulka 3). Americká společnost pro infekční choroby (IDSA) doporučuje použití rychlých molekulárních testů na chřipku v rámci rychlých diagnostických testů na chřipku (RIDT) pro detekci chřipkových virů v respiračních vzorcích ambulantních pacientů. Doporučení týkající se testování na chřipku a informace o interpretaci výsledků testování naleznete v části Pokyny pro klinické praxe týkající se chřipky IDSA

  Lékaři by si měli být vědomi schválených klinických vzorků pro použitý molekulární test

• Molekulární testování se doporučuje všem hospitalizovaným pacientům s podezřením na chřipku.

• Pokud je léčba klinicky indikována, neměla by být antivirová léčba odepřena ambulantním pacientům nebo hospitalizovaným pacientům s podezřením na chřipku, dokud nebudou čekány na výsledky testování chřipky. Další informace o antivirové léčbě chřipky jsou k dispozici u antivirových léků, Information for Health Care Professionals.

  Protože výsledky molekulárních testů nemusí být vždy dostupné, když je třeba učinit rozhodnutí o počáteční terapii, měla by být antivirová léčba zahájena co nejdříve, protože největší klinický přínos je, když je léčba zahájena co nejblíže počátku onemocnění, zejména u hospitalizovaných pacientů a ambulantní pacienti s vysokým rizikem závažných komplikací

Začátek stránky

Testování chřipky hospitalizovaných pacientů

• Hospitalizovaní pacienti s podezřením na chřipku bez onemocnění dolních cest dýchacích by měli mít vzorky horních cest dýchacích odebrány pro testování chřipky molekulárním testem. Společnost Infectious Diseases Society of America (IDSA) doporučuje použití RT-PCR nebo jiných molekulárních testů pro detekci chřipkových virů v respiračních vzorcích hospitalizovaných pacientů. Doporučení týkající se testování na chřipku a informace o interpretaci výsledků testování naleznete v části Pokyny pro klinické praxe týkající se chřipky IDSA.
• Další informace o antivirové léčbě chřipky jsou k dispozici u antivirových léků, Information for Health Care Professionals.
• Odběr vzorků dolních cest dýchacích od hospitalizovaných pacientů s podezřením na chřipku a pneumonii lze zvážit pro testování chřipky pomocí RT-PCR a dalších molekulárních testů, pokud je testování chřipky vzorků horních cest dýchacích negativní a pokud by pozitivní testování vedlo ke změně klinického řízení. Hospitalizovaní pacienti s podezřením na chřipku a respirační selhání při mechanické ventilaci mohou nechat odebrat vzorek endotracheální aspirace pro testování na chřipku pomocí RT-PCR, pokud nebyla stanovena laboratorní diagnóza chřipky. Bronchoalveolární výplachová tekutina, pokud je odebrána pro jiné diagnostické účely, může být také testována na chřipkové viry pomocí RT-PCR nebo jiných molekulárních testů. V současné době je pro vzorky dolních dýchacích cest vynulován pouze test CDC RT-PCR. tento test je k dispozici pouze v kvalifikovaných laboratořích pro veřejné zdraví (viz tabulka 1. Testy RT-PCR s čistotou FDA a další molekulární testy na ikonu pdf viru chřipky [311 KB, 6 stránek]). Lékaři se mohou rozhodnout pro objednání dalších stanovení s FDA pro použití mimo značku při hodnocení vzorků dolních cest dýchacích. Výkon těchto testů u těchto vzorků nebyl FDA hodnocen; v některých institucích však mohou být tyto testy snadněji přístupné.

Použití při detekci institucionálních ohnisek chřipky

• Molekulární testy, jako je RT-PCR, jsou zvláště užitečné pro identifikaci infekce virem chřipky jako příčiny respiračních ohnisek v institucích (např. V domovech s pečovatelskou službou, zařízeních pro chronickou péči a nemocnicích).
• Pozitivní výsledky od jedné nebo více nemocných s podezřením na chřipku mohou podpořit rozhodnutí o rychlém provedení preventivních a kontrolních opatření pro ohniska influenzy. Kliničtí lékaři by si měli být vědomi požadavků svých orgánů veřejného zdraví, pokud jde o rychlé informování o jakýchkoli podezřeních nebo potvrzených institucionálních ohniskách chřipky, a kdy by měly být odebrány respirační vzorky od nemocných osob a odeslány do laboratoře veřejného zdraví k laboratornímu potvrzení chřipky.
• K dispozici je prozatímní pokyny pro řízení nákazy chřipky v zařízeních pro dlouhodobou péči a po akutní péči.
• K dispozici jsou doporučení pro kontrolu ohnisek institucionální chřipky společností ikona společnosti Infectious Diseases Society of America.

Začátek stránky

Použití při detekci nových případů chřipky typu A

• Molekulární testy, jako je RT-PCR, jsou navrženy tak, aby přesně identifikovaly virovou RNA nebo nukleové kyseliny influenza A a B pomocí konzervovaných genových cílů. Některé testy detekují viry chřipky A nebo B, ale neurčují podtyp viru chřipky A, a proto nebudou schopny určit, zda je infekce způsobena novým virem chřipky A. Nové viry chřipky A jsou antigenně a geneticky odlišné od aktuálně cirkulujících sezónních virů chřipky A u lidí a obvykle představují zoonotický přenos z ptáků nebo prasat na člověka.
• Některá zařízení zbavená FDA mohou detekovat viry chřipky A nebo B a mohou také identifikovat hemaglutininové geny chřipky A, což umožňuje určit některé nebo všechny podtypy sezónního chřipkového viru A, například A (H1N1) pdm09 nebo A (H3N2).. Tyto testy nejen identifikují aktuálně cirkulující viry chřipky A, ale také mohou identifikovat viry, které jsou detekovány jako chřipka A, pro které nebylo možné identifikovat žádný podtyp. Tyto „nezadatelné tabulky“mohou představovat nové infekce virem chřipky typu A.
• Lékaři a laboranti používající molekulární testy, kteří jsou schopni detekovat všechny v současnosti cirkulující podtypy viru chřipky typu A, například A (H1N1) pdm09 nebo A (H3N2). a kteří identifikují „nezadatelný“výsledek (tj. chřipku A bez detekovaného podtypu), měli by neprodleně kontaktovat svůj státní úřad nebo místní laboratoř veřejného zdraví za účelem dalšího testování, aby zjistili, zda je infekce způsobena novým virem chřipky typu A.
• Lékaři a laboratoře používající molekulární testy, kteří detekují viry chřipky A, které neidentifikují specificky v současnosti cirkulující podtypy viru chřipky typu A, například A (H1N1) pdm09 nebo A (H3N2), a kteří mají podezření na novou infekci virem chřipky A, by měli kontaktovat svůj stav nebo místní laboratoř veřejného zdraví, která okamžitě provede další testování, aby se zjistilo, zda je infekce způsobena novým virem chřipky typu A.

Začátek stránky

Faktory ovlivňující výsledky molekulárních testů

Výsledky testování chřipky mohou ovlivnit mnoho faktorů. Prolnutí viru chřipky v horních dýchacích cestách obecně u imunokompetentních pacientů s nekomplikovanou chřipkou obecně výrazně klesá po 4 dnech, i když kojenci a malé děti mohou mít detekovatelné chřipkové viry delší dobu. Pacienti s onemocněním dolních dýchacích cest mohou mít prodlouženou replikaci viru chřipky v dolních dýchacích cestách. Imunosupresivní pacienti a osoby, které dostávají systémové kortikosteroidy, kteří mají onemocnění dolních cest dýchacích, mohou také mít prodlouženou replikaci viru chřipky v dolních dýchacích cestách. Molekulární testy mohou detekovat chřipkovou virovou RNA (pozitivní výsledky) po delší dobu než jiné chřipkové testy (např. Detekce antigenu - imunofluorescence nebo rychlé chřipkové diagnostické testy). Přestože molekulární testy mají vysokou senzitivitu, u pacientů s chřipkou se mohou vyskytnout negativní výsledky z několika důvodů, takže negativní výsledky molekulárního testu RT-PCR nemusí vždy vyloučit diagnózu chřipky. Pokud je klinické podezření na chřipku vysoké, měla by antivirová léčba pokračovat u pacientů se závažným onemocněním nebo s vysokým rizikem komplikací, zatímco se shromažďují další vzorky dýchacích cest a provádí se další testování na chřipku.

Faktory, které mohou ovlivnit výsledky testování na chřipku, jsou:

• Čas od počátku nemoci do odběru vzorků dýchacích cest pro testování

  Vzorky dýchacích cest by měly být v ideálním případě odebírány co nejdříve (nejlépe méně než 4 dny po nástupu nemoci, kdy je nejvyšší výskyt viru viru chřipky) u osob bez onemocnění dolních cest dýchacích a co nejdříve testovány. Molekulární testy mohou být schopny detekovat chřipkovou virovou RNA nebo nukleové kyseliny ve vzorcích dýchacích cest déle, než jiné testy mohou detekovat chřipkové viry (např. Po 72 hodinách od počátku nemoci)

• Zdroj testovaných respiračních vzorků a manipulace se vzorky

  • Nejlepší vzorky horních cest dýchacích k detekci chřipkové virové RNA pomocí RT-PCR a dalších molekulárních testů jsou nazofaryngeální výtěry, výplachy nebo aspiráty; dalšími přijatelnými vzorky jsou nosní a / nebo krční výtěr. Tampón s dřevěnou dříkem by neměl být používán pro odběr vzorků dýchacích cest, protože to může interferovat s RT-PCR a jinými molekulárními testy. Kliničtí lékaři by si měli být vědomi schválených klinických vzorků pro použité molekulární stanovení a jaké typy tamponů se doporučují pro použití s testem, jak je uvedeno v pokynech výrobce obsažených v testu.
  • Hospitalizovaní pacienti s onemocněním dolních cest dýchacích mohou mít ve srovnání s horními cestami dýchacích cest prodlouženou replikaci viru chřipky dolních cest dýchacích. U pacientů s onemocněním dolních cest dýchacích by měly být odebrány a testovány vzorky dolních cest dýchacích, pokud je chřipka klinicky podezřelá a testování vzorků horních cest dýchacích je negativní. U kriticky nemocných pacientů s podezřením na chřipku, i když je testování pomocí RT-PCR nebo jiných molekulárních testů negativní, by se mělo zvážit shromáždění dalších respiračních vzorků z více míst, zejména dolních dýchacích cest (endotracheální aspirát nebo bronchoalveolární výplach - pokud je to klinicky indikováno). pro jiné diagnostické účely) a znovu testovány na chřipkové viry pomocí RT-PCR nebo jiných molekulárních testů. Antivirová léčba by měla u těchto pacientů pokračovat až do dalšího testování na chřipku.
  • Pokud je testování zpožděno nebo je provedeno v jiném zařízení, než v němž je pacient hospitalizován, měly by být vzorky umístěny do sterilního virového transportního média v souladu se specifikacemi testu a chlazeny, dokud nebudou transportovány do laboratoře k testování co nejdříve. Pokud se bude provádět virová kultura, nemělo by se zamrzání a rozmrazování vyhýbat nebo minimalizovat, aby nedošlo k degradaci chřipkových virů.
  • K dosažení optimálního výkonu zkoušky je třeba dodržovat pokyny výrobce, včetně přijatelných vzorků, manipulace, skladování a zpracování. Odchylky od doporučených postupů mohou vést k falešně negativním výsledkům.

Začátek stránky

Interpretace výsledků zkoušek

Citlivost a specificita RT-PCR a dalších molekulárních testů, které byly vyčištěny FDA pro diagnostické použití, jsou velmi vysoké ve srovnání s jinými testy s FDA, které používají různé metody. I při RT-PCR se však mohou vyskytnout falešně negativní výsledky v důsledku nesprávného nebo špatného odběru klinických vzorků nebo špatného zacházení se vzorkem po odběru a před testováním. Negativní výsledek může také nastat testováním vzorku, který byl odebrán, když pacient již nevyvolává detekovatelný virus chřipky. Falešně pozitivní výsledky, i když vzácné, se mohou objevit (např. Kvůli laboratorní kontaminaci nebo jiným faktorům). Informace o interpretaci výsledků testování na chřipku jsou k dispozici také na vnější ikoně Pokyny pro klinickou praxi IDSA pro chřipku.

• Negativní výsledek

  Negativní výsledek znamená, že v testovaném respiračním vzorku neexistuje důkaz virové RNA nebo nukleových kyselin chřipky. U hospitalizovaných pacientů, zejména u pacientů s onemocněním dolních cest dýchacích, není-li identifikována žádná jiná etiologie a chřipka je stále klinicky podezřelá, měly by být odebrány a testovány další vzorky a měla by být zahájena nebo pokračovala antivirová léčba

• Pozitivní výsledek

  • Pozitivní výsledek naznačuje detekci virové RNA nebo nukleových kyselin chřipky v testovaném respiračním vzorku, což potvrzuje infekci virem chřipky, ale nutně neznamená, že je přítomen infekční virus nebo že je pacient nakažlivý.
  • Pozitivní výsledek testování vzorku horních cest dýchacích u osoby, která nedávno dostala intranazální podání živé atenuované vakcíny proti viru chřipky (LAIV), může naznačovat detekci vakcinačního viru. LAIV obsahuje kmeny viru chřipky, které podléhají replikaci viru v respiračních tkáních s nižší teplotou (např. V nosních pasážích), než je vnitřní tělesná teplota. Protože nosní průchody jsou během podávání LAIV infikovány živými kmeny vakcíny proti viru chřipky, vzorkování nosních průchodů během několika dnů po očkování LAIV může přinést pozitivní výsledky testování chřipky. Je možné detekovat kmeny vakcíny LAIV až 7 dní po vakcinaci a ve vzácných situacích delší dobu.
  • Interpretace molekulárního testu chřipky bude záviset na individuálním testu, který se provádí. Například negativní výsledek molekulárního testu na chřipku, který detekuje pouze virus chřipky A a podtyp p (H1N1) pdm09, nevylučuje infekci virem chřipky B. Kliničtí lékaři mohou nahlédnout do příbalové informace, kde najdete podrobný popis každého testu s FDA a co výsledek může nebo nemusí znamenat.

Začátek stránky

Výhody / nevýhody molekulárních testů

Výhody:

• Rychlé molekulární testy a některé komerčně dostupné molekulární testy mohou přinést výsledky v přiměřeném časovém období, aby se informovalo o klinickém řízení (v rozmezí od přibližně 15 do 30 minut do méně než 1, 5 hodiny).
• Molekulární testy jsou citlivější a specifičtější pro detekci chřipkových virů než jiné chřipkové testy (např. Rychlé chřipkové diagnostické testy, imunofluorescence a virová kultura).
• Pravděpodobnost falešně pozitivního nebo falešně negativního výsledku je nízká, a proto je interpretace výsledku méně ovlivněna úrovní chřipkové aktivity v komunitě.
• Některé, ale ne všechny, molekulární testy mohou rozlišovat mezi specifickými podtypy viru chřipky typu A.

Nevýhody:

• Výsledky některých RT-PCR a dalších molekulárních testů nemusí být k dispozici v klinicky relevantním časovém rámci, které by informovalo o rozhodnutích v oblasti klinického řízení.

• RT-PCR a další molekulární testy nemusí být k dispozici ve všech ambulantních nebo pohotovostních místnostech. U hospitalizovaných pacientů nejsou tyto testy vždy k dispozici na místě.

  Respirační vzorky mohou být zaslány do státní zdravotnické laboratoře nebo do komerční laboratoře pro RT-PCR. Proto, ačkoli test může přinést výsledky za 4-8 hodin, skutečný čas k získání výsledků může být podstatně delší

• Většina FDA-čistých molekulárních testů není schválena k testování vzorků dolních dýchacích cest
• RT-PCR a další molekulární testy jsou obecně dražší než jiné chřipkové testy
• Některé molekulární testy nemusí specificky identifikovat všechny v současnosti cirkulující podtypy viru chřipky A. V závislosti na testu nemusí negativní výsledek pro jeden podtyp viru chřipky A bránit infekci jiným podtypem viru chřipky A.
• Některé použité molekulární testy na chřipku nejsou vyčištěny FDA a nebylo provedeno vyhodnocení k posouzení přesnosti všech dostupných RT-PCR a molekulárních testů. Seznam testů schválených FDA je uveden v tabulce 3.
• Rychlé molekulární testy mohou mít mírně nižší citlivost k detekci chřipkových virů ve srovnání s jinými RT-PCR a jinými molekulárními testy.

Začátek stránky

Reference

Ali T, Scott N, Kallas W, et al. Detekce chřipkového antigenu pomocí rychlých testů založených na protilátkách po intranazálním očkování proti chřipce (FluMist). Clin Infect Dis. 1. března 2004; 38 (5): 760-2.

Bell J, Bonner A, Cohen DM, et al.. Multicentrické klinické hodnocení nového testu izotermální nukleové kyseliny Alere ™ i Influenza A&B. J Clin Virol. 2014 září; 61 (1): 81-6.

Binnicker MJ, Espy MJ, Irish CL, Vetter EA. Přímá detekce virů chřipky A a B za méně než 20 minut pomocí komerčně dostupného rychlého testu PCR. J Clin Microbiol. 2015 Jul; 53 (7): 2353-4.

Blok SL, Yogev R, Hayden FG, Ambrose CS, Zeng W, Walker RE. Uvolňování a imunogenita živého atenuovaného viru vakcíny proti chřipce u osob ve věku 5-49 let. Vakcína. 8. září 2008; 26 (38): 4940-6.

Brotons P, Nogueras MM, Valls A, et al. Dopad rychlé molekulární diagnostiky dětské sezónní chřipky na vyžádání na laboratorní pracovní toky a náklady na testování: Retrospektivní studie. Pediatr Infect Dis J. 2019 Jun; 38 (6): 559-563.

Chapin KC, Flores-Cortez EJ. Výkonnost molekulárního A&B testu na chřipku Alere I ve srovnání s analýzou A / B xpertové chřipky. J Clin Microbiol. 2015 únor; 53 (2): 706-9.

Chen JH, Lam HY, Yip CC, et al. Vyhodnocení molekulárního testu Xpert Xpress Flu / RSV vs. Alere I Influenza A & B pro rychlou detekci chřipkových virů. Diagn Microbiol Infect Dis. 2018 Mar; 90 (3): 177-180.

Chiarella FC, Culebras E, Fuentes-Ferrer ME, Picazo JJ. Vyhodnocení testu A&B na chřipku Alere-i pro rychlou identifikaci virů chřipky A a chřipky B. J Med Microbiol. 2016 červen; 65 (6): 456-61

Chu H, Lofgren ET, Halloran ME, Kuan PF, Hudgens M, Cole SR. Provádění rychlých diagnostických testů na chřipku H1N1: metaanalýza. Chřipka jiné viry Respiru. 2012, 6 (2): 80-6. doi: 10, 1111 / j.1750-2659.2011.00284.x.

Hazelton B, Gray T, Ho J, Ratnamohan VM, Dwyer DE, Kok J. Detekce chřipky A a B pomocí Alere i Influenza A a B: nový test amplifikace nukleových kyselin izotermální. Chřipka a jiné respirační viry 2015; 9 (3): 151-4.

Jokela P, Vuorinen T, Waris M, Manninen R. Provedení testu A&B na chřipce Alere i a testu mariPOC pro rychlou detekci virů chřipky A a B J Clin Virol. 2015. září; 70: 72-6.

Mahony JB. Diagnóza infekcí respiračního viru založená na amplifikaci nukleové kyseliny. Vnější ikona Expert Rev Anti Infect Ther. 2010 Nov; 8 (11): 1273-92.

Nie S, Roth RB, Stiles J, et al. Hodnocení Alere i Influenza A&B pro rychlou detekci chřipkových virů A a B. J Clin Microbiol. 2014 září; 52 (9): 3339-44. doi: 10, 1128 / JCM.01132-14.

Merckx J, Wali R, Schiller I, et al. Diagnostická přesnost nových a tradičních rychlých testů na infekci chřipkou ve srovnání s polymerázovou řetězovou reakcí s reverzní transkriptázou: Systematická kontrola a metaanalýza. Ann Intern Med. 19. září 2017; 167 (6): 394-409.

Nie S, Roth RB, Stiles J, et al. Hodnocení Alere i Influenza A&B pro rychlou detekci chřipkových virů A a B. J Clin Microbiol. 2014 září; 52 (9): 3339-44. doi: 10, 1128 / JCM.01132-14.

Nguyen Van JC, Caméléna F, Dahoun M, et al. Prospektivní vyhodnocení amplifikace nukleové kyseliny Alere i Influenza A&B proti Xpert Flu / RSV. Diagn Microbiol Infect Dis. 2016 květen; 85 (1): 19-22.

Shu B, Wu KH, Emery S, et al. Návrh a provedení CDC chřipky prasat chřipky PCR v reálném čase pro detekci pandemického viru chřipky 2009 A (H1N1). Vnější ikona J Clin Microbiol. 2011 Jul; 49 (7): 2614-9.

Talbot TR, Crocker DD, Peters J, et al. Doba vylučování viru po trojmocném intranasálním živém oslabeném očkování proti chřipce u dospělých. Infect Control Hosp Epidemiol. 2005, 26 (5): 494-500.